Istraživači pozivaju na podršku za podatke u oblaku kako bi se olakšalo istraživanje genomike

Anonim

Danas u časopisu Nature, prominentni istraživači iz Kanade, Europe i SAD-a, snažno su pozvali velike agencije za financiranje, tražeći od njih da se obvezuju na uspostavljanje globalnih genonskih podataka u oblaku u kojemu se lako mogu pristupiti ovlašteni istraživači širom svijeta.

To će povećati pristup podacima za istraživače, smanjiti vrijeme i troškove povezane s prijenosom i pohranjivanjem podataka na lokalne poslužitelje i ubrzavanjem istraživanja genomike širom svijeta. Čuvanje podataka u oblaku je pokazano kao sigurno, ako nije sigurnije, nego spremanje lokalno.

Uz tipičnu sveučilišnu vezu može potrajati nekoliko mjeseci za preuzimanje podataka iz velikih međunarodnih projekata poput Međunarodnog konzorcija za rak gena (ICGC), a troškovi hardvera koji se odnose na pohranjivanje i obradu tih podataka mogu također biti dosta skupi.

Kod oblak računanja skup podataka iz projekta velikog genoma može se izvršiti u danima, u djeliću cijene.

Autori predlažu da agencije za financiranje zahtijevaju da glavni skupovi podataka budu preneseni u oblak i da plaćaju dugoročno pohranu. Podaci bi tada trebali biti kopirani samo jednom, a istraživači bi morali platiti samo privremenu pohranu dok je analiza bila u tijeku. Pristup bi bio dostupan samo autoriziranim istraživačima.

"Trenutno mnogo vremena i novca troše istraživači koji prenose podatke iz spremišta u vlastiti preferirani poslužitelj umjesto da se lako i jeftino kopaju u globalne podatke kada god im je to potrebno", rekao je dr. Lincoln Stein, direktor Informatika i biotehnološki program na Ontario institutu za istraživanje raka, voditelj ICGC-ovog centra za koordinaciju podataka u Torontu i vodeći autor na papiru. "Potičemo veća ulaganja u oblak kako bismo učinkovitije koristili javna sredstva i kako bismo ubrzali tempo istraživanja genomike".

"Nakon što imamo ovlaštene postupke pristupa osiguravamo poštivanje želja donatora podataka, uključujući i njihova sigurnost i sigurnost", rekao je dr. Bartha Knoppers, direktor Centra za genomike i politiku Sveučilišta McGill. "Primjena okvira za odgovornu podjelu genomskog i zdravstvenog podataka prvi je korak u donošenju ljudskih prava građana da koriste znanstveni napredak i da znanstvenici budu prepoznati za svoj rad".

"Složenost biologije raka znači da trebamo ogromne skupove podataka - u osnovi, što je veći, to je bolje", rekao je dr. Peter Campbell, voditelj genomskog karcinoma na institutu Wellcome Trust Sanger. "Došli smo do stupnja u kojem su ti skupovi podataka preveliki za kretanje - cloud computing nudi fleksibilnost da zadržimo podatke na jednom virtualnom mjestu i sve zajedno oslobodimo svjetske istraživače".

"Količina genomskog podataka raste uz nevjerojatnu brzinu. Premještanje podataka i analitičkih alata u oblak će demokratizirati pristup podacima i računalnim resursima potrebnim za analizu tih podataka", rekao je dr. Gad Getz, direktor raka računalnog raka genoma raka Analitička grupa na Broad Institute of MIT i Harvard. "Prošireni pristup ubrzat će razvoj alata, povećati broj stanovnika istraživača koji analiziraju ove bogate skupove podataka i na kraju povećati tempo znanstvenih otkrića. Ove platforme za analizu temeljene na oblaku također će omogućiti testiranje novih distribuiranih računalnih paradigmi koje proširuju oba mjerila analize i sofisticiranosti računalnih algoritama. Sada gradimo pilot takve platforme za oblak ".

"Osnivanje novih snažnih oblaka za oblak koji nam omogućuje pohranu, dijeljenje i analizu podataka preko granica otvorit će nove perspektive u istraživanju raka", rekao je dr. Jan Korbel, voditelj skupine u EMBL-u. "To će uzeti u obzir razvoj događaja u znanosti i politici za distribuciju i razmjenu skupova podataka kao osjetljivih kao genetski podaci o pacijentima koji osiguravaju sigurnu okolinu kako bi služili interesima uzoraka donatora i istraživača".

Cloud computing je najčešće povezan s potrošačkim proizvodima, kao što su pohranjivanje glazbe, fotografije ili uređivanje dokumenata u stvarnom vremenu. No, u stvari većina istraživanja već se provodi u oblaku, sigurno i sigurno. Cloud computing je zajednički resurs koji istraživačima omogućuje pristup pohranu i računalnoj snazi ​​po potrebi umjesto da se dugoročno ulaže u računalnu infrastrukturu. To također povećava korištenje infrastrukture jer ga mnogi istraživači mogu koristiti umjesto samo jednog.